De organisatie heeft een collegiaal bestuur. Dit bestuur is voor de duur van zes jaar benoemd door Provinciale Staten van de provincies Noord-Brabant en Limburg.
De medewerkers van het bureau verrichten onderzoekswerkzaamheden en fungeren als projectleider voor onderzoeken die aan derden worden uitbesteed.
De Programmaraad adviseert over het voorgenomen onderzoeksprogramma en fungeert desgewenst als klankbord voor het bestuur. De Programmaraad bestaat uit drie leden van Provinciale Staten per deelnemende provincie.
Provinciale Staten van Limburg en Noord-Brabant onderzoeken eens in de zes jaar het functioneren van de Zuidelijke Rekenkamer. Op 30 mei 2016 is de evaluatie 2011-2016 afgerond.
Naar aanleiding van het evaluatierapport heeft de rekenkamer de Agenda 2017-2022 opgesteld. In deze agenda lichten we op verzoek van Provinciale Staten Noord-Brabant en Limburg onze plannen voor de komende zes jaar toe. Hiertoe blikken we eerst kort terug op de vorige periode. Daarna beschrijven we de accenten die we de komende jaren willen verleggen en vervolgens wat daar volgens ons voor nodig is. De bijlage bevat een vergelijking van de Zuidelijke Rekenkamer met andere provinciale rekenkamers. De Agenda 2017 – 2022 vindt u onder ‘Planning en Verantwoording’: klik hier