Gelet op het financieel en maatschappelijk belang van het programma hebben de Algemene Rekenkamer en de Zuidelijke Rekenkamer in 2014 onderzoek gedaan naar het programma Beter Benutten. Met het onderzoek wilden de beide rekenkamers nagaan of er aandachtspunten geformuleerd kunnen worden voor het vervolg op het programma, waartoe in 2014 is besloten.
De rekenkamer heeft geconstateerd dat in de provincie het programma Beter Benutten Brabant in zeer korte tijd als programma is opgezet en vormgegeven. Vanwege de tijdsdruk is voor de organisatie grotendeels aangesloten bij bestaande overlegstructuren. De tijdsdruk verklaart ook dat het programma vooral is samengesteld uit afzonderlijke projecten die al in de pijplijn zaten en binnen bestaande programma’s vallen. De rekenkamer concludeert dat dit de overzichtelijkheid niet ten goede is gekomen. Het is vooral gebleven bij afzonderlijke projecten en in die zin is er dan ook niet echt sprake van een programma.
De aanbevelingen van de Zuidelijke Rekenkamer voor het vervolg van het programma Beter Benutten Brabant hebben betrekking op de selectie van projecten en de verbetering van sturingsmogelijkheden. Daarnaast moet volgens de rekenkamer extra aandacht gegeven worden aan de informatievoorziening – zowel ten behoeve van GS als PS – als aan de (beperkingen van de) effectmeting.